Ausgangspunkt des bornfeldschen Konzepts ist das in der Barockzeit gültige Prinzip der „Werkorgel“, also aufeinander bezogene Teilwerke (wie Hauptwerk, Brustwerk) die akustisch (Register) und optisch (Standort) definiert sind. Neu ist im Vergleich zum barocken Vorbild, dass das Klangspektrum der Register unter verstärkter Hervorhebung entlegener Obertöne (None, Septime) erweitert wird.

Helmut Bornefeld sieht die Orgel als Gesamtkunstwerk: Disposition, Mensuration, Intonation und Erscheinungsbild des Gehäuses stehen miteinander und zum Aufstellungsort in Beziehung. Er verknüpft in seinen Orgelkonstruktionen barocke Prinzipien (mechanische Spieltraktur, Schleifladen, Werkprinzip usw.) mit eigenständigen, neuartigen Klangvorstellungen.

Die Prospektform ergibt sich aus den baulichen Tatsachen: Die großen Pedalpfeifen stehen wegen der Deckenform vorne, ebenso die Prospektpfeifen des Hauptwerks. Damit der Pedalturm nicht zu breit gerät, wurde das „Kleinpedal“ nach links verlegt.

Der Weg von der Tastatur zur Pfeife wird über eine mechanische Spieltraktur zurückgelegt, was ein differenziert-artikuliertes Spiel ermöglicht. Die Luftzufuhr der Register wird über Schleifladen gesteuert. Die Registertraktur – der Weg vom Registerschalter zur Schleife – und die Manual- bzw. Pedalkoppeln sind elektrisch.

Bornefeld-Orgeln und damit auch die Markus-Orgel sind klangintensive Instrumente. Sie zeichnen sich durch vielseitigen Gebrauch der Stimmen in Solo- wie Ensemblefunktion sowie hohe Verschmelzungsfähigkeit für aparte Obertonmischungen aus. Man kann ungewöhnliche und äußert reizvolle Klangfarben entdecken (besonders bei den Solostimmen) und so manches Orgelstück in neuem Klanggewand erleben.

Die einzelnen Stimmen der Register haben eine Mehrfachfunktion, so dass auf jedem Teilwerk universell verwendbare Plenum-, Cantus-firmus (c.f.)- sowie begleitfähige Register vorhanden sind. Gemischte Stimmen mit entlegenen Teiltönen (z.B. Hörnlein) sind bewusst stark färbende Klang-Elemente, vor allem für den solistischen Bereich. Der Umfang der Manuale bis c‘‘‘‘ macht die Grundregister und Obertöne weithin auch eine Oktave höher spielbar. Dadurch ergeben sich äußert vielfältige Einsatzmöglichkeiten der Register, sowohl im Solo- als auch im Begleitstimmenbereich.

Das Pedal wird aus seiner fast singulären Bassorientierung entlassen, so ergeben sich zahlreiche Farbmöglichkeiten. Beispiel: Die Pedal-Mixtur wird aufgeteilt im Basszink, Choralbass und Glöckleinton. Dadurch sind alle Plenumsvarianten in Bezug auf den jeweiligen Manualklang denkbar; Choralbass und Glöckleinton sind aber auch als c.f.-Register einsetzbar.

Im Bereich der Manuale werden die Unterschiede geradzahliger Fußtonlage verstärkt (ist z.B. der 4‘-Prinzipal eng und kraftvoll, dann wird der 2’eher weit-italienisch). Das Hauptwerk ist mitbeteiligt an allen Solo- und Trioaufgaben, bei der Markus-Orgel vor allem durch die Register Quinte, Nonenkonrnett, Larigot; so entstehen z.B. zusammen mit der Quintade 16‘ pittoreske Klangfarben.