Der freistehende Glockenturm, die Kirche und der Anbau mit Sitzungszimmer und Sakristei bilden ein architektonisch-künstlerisches Gesamtensemble und stehen erhöht auf einer künstlichen Aufschüttung. Eine Treppe führt von der Straße auf die Ebene von Glockenturm und Kirche. Weitere Stufen führen an das Kirchenportal.

Glockenturm und Kirche fallen durch die wabenförmige Struktur der Außenwände auf. Ein Stahlbetonskelett bildet die Basis des Baus und ist mit Elementen aus Sichtbeton ausgekleidet. Drei Wände der Kirche bestehen aus Betonelementen, die mit mehr als 3200 blau-rot-violett-weiß eingefärbten Antikglasfenstern versehen sind. Diese lassen effektvoll das Licht von außen in die Kirche eindringen. Je nach Tageszeit und Sonnenstand ergeben sich unterschiedliche Muster an Boden und Altarwand. Bei Dunkelheit scheinen viele bunte Lichtfelder aus der beleuchteten Kirche. 12 Kupferlampen erhellen die Kirche.

Das zunächst abweisende kühle Grau des Betons wird durch die Lichtreflexe auf dem Boden und an den mahagonibraunen Bänken gemildert. Die eingefärbten Gläser der Fenster erweitern je nach Lichteinfall das Farbspektrum. Die lichtdurchlässigen Wände stehen auch für die Transparenz, die der Mensch im Singen, Beten und im Hören auf die Heilige Schrift für die Gegenwart Gottes bekommen soll. Was im Inneren der Kirche verkündigt wird, soll nach außen strahlen: „Ihr seid das Licht der Welt!“ (Matthäus 5, 14).

Der Innenraum ist 18 Meter breit, 28 Meter lang und 12 Meter hoch. Zehnschlanke Säulen tragen die Dachkonstruktion und unterteilen den Bau in ein breites Mittelschiff und zwei schmale Seitenschiffe. Die dreiteilige Hallenkirche knüpft an die traditionelle Bauweise der spätantiken Basilika an.

Einen besonderen Akzent erhält der Innenraum durch eine weit geschwungene Empore, die auf zwei Stützpfeilern steht und die Orgel trägt. Sie führt den Besucher wie durch ein zweites Tor in die Kirche hinein und steht als geschwungenes Bauelement der Kirche im Kontrast zum Raum, der ansonsten gradlinig ausgerichtet ist. Die klare Linienführung dieser Hallenkirche beschreibt einen Raum von großer Kraft und geistiger Weite. Der hohe Innenraum steht als Symbol für die Freiheit des Menschen in der Gegenwart Gottes. Auf eine Ausschmückung durch Bilder wurde bewusst verzichtet.

Die Altarwand ist die einzige vom Boden bis zur Decke durchgehende Wand. Sie ist mit Tausenden Mosaiksteinen belegt, die sich zu geometrischen Mustern formen. Das Mosaik wird an der Decke fortgeführt.

Die Mitte der Altarwand dominiert ein fünf Meter hohes Holzkreuz aus Palisander. Das Holzkreuz steht in protestantischer Tradition für das Leiden, den Tod und die Auferstehung Jesu.

Persönliche Freudenfeste (Taufe, Konfirmation, Hochzeit) sowie die unterschiedlichen großen Feste des Kirchenjahrs finden den jeweils passenden Rahmen, im Hören auf Schrift und Predigt den eigenen spirituellen Raum zu erleben.

Die ursprüngliche Gestalt der Markus-Kirche ist seit ihrer Erbauung erhalten und bewahrt geblieben. Der Gemeindesaal, der sich unterhalb der Kirche befindet, hat in den 60 Jahren des Bestehens einige Veränderungen erfahren. Als Kinosaal und mit einer Bühne mit professioneller Theaterausstattung konzipiert, wurde er später in einen Mehrzweck-Gemeindesaal umgebaut, der mittlerweile einen kleinen, abteilbaren Saal und einen großen Saal umfasst. Die Veranstaltungsreihe „Flimmer im Salon“ knüpft mit Filmvorführungen im kleineren Gemeindesaal an die Tradition des Kinosaals an.

Die Markus-Kirche wurde auch als Konzert-Kirche konzipiert. Eine für damalige Zeiten ungewöhnliche Orgel lädt zu unterschiedlichen Konzerten ein. Der große Altarraum und die Empore bieten Platz für Chor und Orchester. Durch eine Tür getrennt, befinden sich neben der Kirche die Sakristei sowie ein Sitzungszimmer, das ursprünglich für den Kirchenvorstand geplant war und heute unterschiedliche Nutzung erfährt. Eine Wendeltreppe verbindet den Kirchenraum mit der Empore und der Unterkirche / Gemeindesaal.