Beim Betreten der Kirche fällt sofort die Altarwand auf, die ein fünf Meter hohes Kreuz aus Palisander trägt. Dornen und Kronen aus Kupfer als Zeichen des Leidens und der Erlösung ersetzen den Korpus am Kreuz. Durch eine spezielle Beleuchtung wird das Kreuz in ein besonderes Licht gesetzt. Das Kronenmotiv des Kreuzes setzt sich in den sechs Altarleuchtern fort und wiederholt sich im Griff des Deckels der Taufschale. All diese Kupfer-Objekte wurden von den Brüdern Klemisch gestaltet.

Die Altarwand, vom Boden bis zur Decke reichend, ist mit Tausenden changierenden Mosaiksteinen belegt, die sich zu geometrischen Mustern formen. Sie symbolisieren die Gemeinde nach dem alttestamentlichen Wort: Ich will dich zahlreich machen wie die Sterne am Himmel und den Sand am Meer. (1. Mose 22,17). An der Altarwand lassen sich zwölf vergoldete Mosaikstreifen erkennen, deren Bedeutung nicht genau überliefert ist. Sie könnten für die zwölf Stämme Israels stehen, die ebenfalls im 1. Buch Mose (Kap. 49) erwähnt werden, oder auch die zwölf Jünger Jesu symbolisieren, die sich um das Kreuz als Zentrum versammeln. Das Mosaik der Altarwand geht in das Mosaik der Decke über. Diese bewusste Einheit vermittelt dem Besucher Geborgenheit. Das Wandmosaik setzt sich auch auf den beiden oberen Altarstufen fort.

Die anderen beiden Altarstufen sowie der gesamte Fußboden sind aus geschliffenen, polierten Solnhofener Natursteinplatten gefertigt und spiegeln das auftreffende Licht in besonderer Weise wider. Diese Platten sind heute von unschätzbarem Wert.

Zeitzeugen der Einweihung der Markus-Kirche erinnern sich, dass Pfarrer Nestmann die vier Altarstufen als Symbole für die wichtigsten Stufen im christlichen Leben erläuterte: Taufe, Konfirmation, Trauung und Bestattung. Aus italienischem Marmor bestehen die Kanzel, der Taufstein sowie der Altar, dessen geschwungene Platte von zwei Stützen getragen wird. Auf dem marmornen Taufstein ruht die kupferne Taufschale mit Deckel, der die Inschrift trägt: Ich habe dich bei deinem Namen gerufen. Du bist mein. (Jesaja 43,1).